تأسست الهيئة العامة للمنافذ البرية والبحرية ككيان مستقل بسلطات واسعة، مما أدى إلى تركيز القوات الأمنية والمالية بيدها دون رقابة تشريعية، مما يثير مخاوف حول الشفافية وسوء استخدام السلطة. فبدلاً من تحسين الوضع، أصبحت هيئة المنافذ تُعتبر كانتوناً داخل الدولة تعزز الفساد وتقوّض المؤسسات.